浙江省长三角基础设施科学研究院被评为高新技术企业、浙江省专精特新中小企业、浙江省创新型中小企业、浙江省“守信用重合同”企业等；先后荣获中国振动工程学会科学技术奖一等奖、中国交通运输协会科技进步奖一等奖、中国公路学会科学技术奖二等奖、中国城市轨道交通协会科技进步奖二等奖、浙江省优秀城乡规划设计二等奖、浙江省城市地下综合管廊规划建设研究二等奖、浙江省建设科学技术奖三等奖、中国公路学会科学技术奖二等奖、华夏建设科学技术三等奖、中国产学研合作创新成果二等奖、浙江省科学技术进步三等奖等荣誉。